Estudios de Cultura Maya surgió en 1961, un año después de que el Seminario de Cultura Maya quedara adscrito a la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad Nacional Autónoma de México. La iniciativa fue del doctor Alberto Ruz Lhuillier (director fundador), con el propósito de contar con un órgano oficial de comunicación entre los mayistas del mundo. Su creación se debió al empeño del entonces secretario general de la UNAM, doctor Efrén del Pozo, quien consideró que el estudio de la civilización maya ameritaba la formación de un núcleo permanente de investigación y divulgación.

Los primeros consejeros honorarios fueron los mayistas extranjeros Herbert J. Spinden y Alfred V. Kidder, y dos antropólogos mexicanos, Alfonso Caso y Daniel Rubín de la Borbolla. Como consejero e investigador permanente, colaboró el investigador inglés J. Eric Thompson. Además, se nombraron cuatro especialistas como investigadores permanentes; la doctora Calixta Guiteras Holmes y los profesores Alfonso Villa Rojas, Alfredo Barrera Vásquez y César Lizardi Ramos.